La Fondation Engagement Médias pour les Jeunes est abritée par la Fondation de France qui se charge de toutes les démarches de création, de gestion comptable, financière et juridique.
La Fondation Engagement Médias pour les Jeunes peut ainsi se consacrer pleinement à la cause et au choix de projets, avec une grande autonomie.
La Fondation est administrée par un Comité exécutif qui se réunit une fois par an afin de statuer sur les projets et les associations soutenues par la Fondation. Il est présidé par la Présidente-Directrice Générale de France Télévisions, Delphine Ernotte Cunci, et composé de 24 membres répartis en 3 Collèges :
- le Collège des Fondateurs,
- le Collège des personnalités qualifiées, dont les personnalités sont nommées pour un mandat de 3 ans, renouvelable 1 fois.
- le Collège des donateurs, élargi dernièrement en juin 2022.
Au quotidien, une équipe de 3 salariés permanents assure le fonctionnement de la Fondation.